GDL

Homology Modeling for Predicting the Three-Dimensional Structure of Cyclodextrin Glucanotransferase from Thermococcus sp B1001

Journal from JBPTPPOLBAN / 2022-07-25 10:27:58
Oleh : Bevi Lidya; Mentik Hulupi; Umi Baroroh; Muhammad Yusuf (bevi_lidya@polban.ac.id)
Dibuat : 2022-07-25, dengan 1 file

Keyword : Homology modelling, struktur tiga dimensi, siklodekstrin glukanotransferase, Thermococcus sp B1001, in silico

Homology modeling bertujuan untuk memprediksi struktur tiga dimensi suatu protein berdasarkan kesamaan sekuens asam amino dan pola pelipatan proteinnya dengan protein lain yang telah diketahui strukturnya. Struktur kristal protein diperlukan untuk mengetahui letak sisi aktif protein, sisi pengikatan protein terhadap ligand, interaksi protein, kelainan yang ada pada protein, atau untuk mendisain mutan. Siklodekstrin glukanotransferase (CGTase) dari Thermococcus sp B1001 belum diketahui struktur kristalnya, oleh karena itu dilakukan pemodelan untuk mendapatkannya. CGTase ini adalah biokatalis pada konversi pati menjadi siklodekstrin. Pemodelan dimulai dengan pencarian template. Template diperoleh melalui alignment menggunakan program BLAST dari NCBI dan program Phyre menggunakan basis data Protein Data Bank (PDB). Berdasarkan kemiripan sekuen asam amino dan struktur sekunder protein, dipilih protein 1QHO, -alfa amilase dari Bacillus stearothermophilus-, sebagai template. Model dibuat menggunakan program Modeller 9.15. Model yang diperoleh dievaluasi dengan program PROCHECK untuk mengetahui plot Ramachandrannya. Pada penelitian ini telah diperoleh model struktur kristal untuk CGTase Thermococcus sp B1001 natif dan mutan Y267W yang dapat digunakan untuk analisis lebih lanjut secara in silico.

Deskripsi Alternatif :

Homology modeling aims to predict the three-dimensional structure of a protein based on the similarity of amino acid sequences and protein folding pattern with other proteins of known structure. The crystal structure of proteins were needed to know the location of the active site, the ligand binding site, protein interactions, protein abnormalities, or to design mutants. Crystal structure of cyclodextrin glukanotransferase (CGTase) from Thermococcus sp B1001 was unknown, therefore modeling to get it is necessary. CGTase is biocatalyst in the conversion of starch into cyclodextrin. Modeling starts with searching template. Template was obtained through alignment using BLAST program from NCBI and Phyre program by Protein Data Bank (PDB) as databases. Based on the similarity of the amino acid sequence and secondary structure of proteins, protein 1QHO, -an alpha-amylase from Bacillus stearothermophilus–was selected as a template. The protein model was made using Modeller 9:15. The model was evaluated with PROCHECK program to determine its Ramachandran plot. The crystal structure for CGTase Thermococcus sp B1001 native and mutant Y267W had been obtained in this study, they can be used for in silico analysis further.

Beri Komentar ?#(5) | Bookmark

Properti	Nilai Properti
ID Publisher	JBPTPPOLBAN
Organisasi
Nama Kontak	Erlin Arvelina
Alamat	Jl. Trsn. Gegerkalong Hilir Ds. Ciwaruga
Kota	Bandung
Daerah	Jawa Barat
Negara	Indonesia
Telepon	022 201 3789 ext. 168, 169, 239
Fax	022 201 3889
E-mail Administrator	erlin.arvelina@polban.ac.id
E-mail CKO	erlin.arvelina@polban.ac.id